關于不同飼料效率豬之間腸道黏膜微生物的作用以及微生物和宿主之間信號傳導的研究較少。本試驗的研究目的是探究不同飼料利用效率育肥豬的盲腸黏膜微生物和天然免疫反應、屏障功能、營養攝取以及腸促胰島素等相關基因表達的差異。根據斷奶后42天和91天之間的剩余采食量，將72頭豬按照窩次和性別分為高剩余采食量組和低剩余采食量組。137-141日齡時采集盲腸黏膜和盲腸食糜。提取黏膜總RNA，轉錄成cDNA后用于檢測基因表達水平，采用Illumina MiSeq高通量測序技術檢測微生物16S rRNA高變區V3-V4，分析微生物組成。推薦閱讀：連鎖不平衡和連鎖分析在基因組關系矩陣納入雜交豬遺傳信息中的應用
高、低剩余采食量豬之間的剩余采食量相差2.1 kg（P < 0.001）。盲腸黏膜主要定殖的微生物有螺桿菌科、彎曲菌科、韋榮氏菌科、毛螺菌科和普雷沃氏菌科。盡管兩組豬的微生物多樣性和絕對豐度之間沒有差異，但發現了與剩余采食量相關的微生物組成差異。與高剩余采食量豬相比，低剩余采食量豬盲腸黏膜中的優勢菌彎曲菌屬高0.4倍（P < 0.10），而大腸桿菌/沙門氏菌(P < 0.05)、瘤胃桿菌(P < 0.05)、和韋榮球菌屬（P < 0.10）分別低3.4、6.6和4.4倍。另外，與高剩余采食量豬相比，低剩余采食量豬的盲腸黏膜中粘蛋白2和緊密連接蛋白Occludens-1的表達水平較低（P < 0.05）。與高剩余采食量豬相比，低剩余采食量豬盲腸黏膜中單羧酸轉運蛋白-1、胰高血糖素肽-1和肽YY的表達水平具有降低的趨勢（P < 0.10），表明高剩余采食量豬的揮發性脂肪酸吸收能力和信號傳導較強。稀疏偏最小二乘回歸和相關網絡證明一些黏膜微生物和腸道微生物代謝產物與剩余采食量變化和宿主基因表達差異的相關性更高。而目前的研究結果尚不能確定是腸黏膜微生物變化導致豬的飼料利用效率出現差異的原因，還是豬的飼料利用效率相關的生理或采食行為變化導致的結果。
